Genomic evidence of a previously undetected Peromyscus truei invasion on San Clemente Island, California
DOI:
https://doi.org/10.12933/therya.2026.6265Palabras clave:
Channel Islands, cryptic diversity, island invasion, museomics, PeromyscusResumen
El estudio genómico de ejemplares de museo (museómica) es una herramienta poderosa para detectar diversidad críptica en colecciones de historia natural, incluidas invasiones previamente no reconocidas. Obtuvimos datos genómicos y morfológicos de 75 ejemplares de Peromyscus colectados durante la Channel Islands Biological Survey (1939-1941), una serie de expediciones a las Islas del Canal de California encabezadas por el Natural History Museum de Los Angeles County (LACM). La mayoría de estos ejemplares fueron confirmados como ratones ciervo nativos de las Islas del Canal (P. gambelii subsp.), excepto dos ejemplares de la Isla San Clemente (SCL) que fueron reidentificados como P. truei, una especie nunca antes reportada para las Islas del Canal. El análisis de pieles, mitogenomas completos y datos del genoma completo de baja cobertura, permitió confirmar estas identificaciones. Los análisis filogenéticos mostraron que los ejemplares de P. truei están estrechamente relacionados con poblaciones continentales de California. Asimismo, incluimos estas especies dentro de la subfamilia Neotominae, incorporando el primer mitogenoma del ratón ciervo de las Islas del Canal. Datos morfológicos adicionales indicaron que varios ejemplares probablemente corresponden a P. truei, lo que sugiere la existencia de una población sustancial en 1939. Junto con la presencia de otros roedores no nativos en SCL (Reithrodontomys megalotis y Microtus californicus), estos hallazgos sugieren una posible co-introducción desde el Condado de San Diego durante la década de 1930 mediante envíos de pacas de heno. Nuestros resultados tienen implicaciones importantes para la gestión y conservación en SCL y, potencialmente en Isla Santa Rosa, donde algunos ejemplares parecen ser fenotípicamente inconsistentes con P. gambelii. Este estudio destaca el valor de las herramientas moleculares para reevaluar colecciones históricas, especialmente en sistemas dinámicos con altos niveles de modificación antropogénica.
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Archivos adicionales
- SD1. A) Measurements from Natural History Museum of Los Angeles County (LACM) Channel Island Peromyscus specimens collected during the Channel Islands Biological Survey (1939-1941). (English)
- SD2. Shotgun sequencing and mito-chondrial genome assembly statistics for San Clemente Island P. truei specimens (LACM 5833, LACM 5834), San Clemente Island mouse (P. gambelii clementis; LACM 6722), and reference P. truei truei (USNM 603235). (English)
- SD3. Kronagrams displaying classi-fication results of low coverage whole genome data, restricted to reads classified as Peromyscus at the genus level: A) LACM 5833 (P. truei), B) LACM 5834 (P. truei), and C) LACM 6722 (P. gambelii clementis). (English)
- SD4. Time-scaled mitogenome tree inferred by BEAST, showing the positions of LACM 5833 and LACM 5834 (P. truei) and LACM 6722 (P. gambelii clementis), subset to the tribe Peromyscini and its sister genus (Onychomys). (English)
- SD5. Maximum Likelihood mito-genome consensus tree showing positions of LACM 5833 and LACM 5834 (P. truei), and LACM 6722 (P. gambelii clementis), subset to the tribe Peromyscini and its sister genus (Onychomys). (English)
- SD6. Maximum Likelihood cytochrome b consensus tree showing positions of LACM 5833 and LACM 5834 within Peromyscus truei. (English)
- SD7. Distribution of study skin measurements from Channel Islands Biological Survey specimens (n=701) prepared by Jack von Bloeker. (English)
- SD8. Distribution of study skin measurements from Channel Islands Biological Survey specimens (n=701) prepared by Jack von Bloeker. Boxplots of total body size (mm) by island and by sex. (English)
- SD9. Measurements from National Museum of Natural History (USNM) Channel Island Peromyscus specimens collected before the Channel Islands Biological Survey. (English)
- SD10. Santa Barbara Museum of Natural History (SBMNH) Peromyscus (SBMNH:MAM:7619-7620, SBMNH:MAM:7622) and Onychomys (SBMNH:MAM:7621, SBMNH:MAM:9202-9203;) specimens originally collected on San Clemente Island during the Channel Islands Biological Su (English)
- SD11. Measurements of Santa Barbara Museum of Natural History (SBMNH) Peromyscus and Onychomys specimens originally collected on San Clemente Island during the Channel Islands Biological Survey. (English)
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